医学信息工程学院前身为原遵义医学院基础部数学与计算机教研室（1989年成立）。2002年申办“信息与计算科学”专业，2003年首次招收本科生，授理学学位。2008年6月，学校整合校内资源，组建医学信息工程系，下辖数学与计算机教研室。2010年成立软件工程教研室。2011年组建卫生信息教研室。2012年成功申办“医学信息工程”专业；2013年首次招收“医学信息工程”专业本科生。2014年成立通讯与信息教研室、计算机中心。2017年，更名为医学信息工程学院。2020年成功申办“智能医学工程”专业，成立智能医学工程教研室；2021年首次招收“智能医学工程”专业本科生。

截止2023年10月，学院共有教职工53人，其中在岗博士10人，在读博士3人；高级职称教师17人，中级职称教师16人。聘请客座教授3人，候鸟型人才1人，企业兼职教师1人。

学院现有信息与计算科学、医学信息工程、智能医学工程3个专业。下辖4个教研室，1个健康大数据工程研究中心，1个计算机中心。建有8个专业实验室，7个计算机基础实验室。10个实习教学基地，1间党员活动室和学生活动室。教学用计算机800余台，教学用建筑面积约2000平方米。

学院承担全国计算机等级考试、卫生专业技术考试等国家级考试。承担全校《计算机基础》课程、《高等数学》课程和本院信息与计算科学、医学信息工程、智能医学工程专业的专业及公共课程。近年来，学院以医学信息人才培养为目标，围绕大健康、大数据产业开展教学和科学研究，承担国家及省级自然科学基金课题20余项，校级以上教改课题10余项。